Henri IV en avait fait sa demeure favorite. Les artistes protestants des XVIe et XVIIe siècles ont contribué à la réalisation de cet ensemble unique. Le château se développe sur cinq cours, trois jardins, un étang, des bassins et un canal. Dans la cour des Adieux, le monumental escalier du Fer à Cheval est l’oeuvre de l’architecte protestant Jean du Cerceau. La cour de la Fontaine date du début de la Réforme.
Le mariage du duc d’Orléans fils de Louis-Philippe, et d’Hélène de Mecklembourg-Schwerin, princesse luthérienne, fut célébré dans 1a salle des colonnes. Au-dessus de la porte Dorée, la loggia du premier étage donne sur les appartements de Madame de Maintenon. Peut-être le lieu de la signature de la révocation de l’Edit de Nantes en octobre 1685. La porte du baptistère, coeur de la partie ancienne du château fut construite au temps d’Henri IV, et le dôme qui coiffe son arcade est l’oeuvre de l’architecte protestant Salomon de Brosse. C’est là que furent baptisés Louis XIII et ses deux soeurs en 1606. L’unité de style de la cour des Offices est typique du style Henri IV, qui fit également réaliser la porte monumentale au Nord de cette cour. Le grand canal, qui prolonge la perspective du parterre, fut aussi réalisé sous Henri IV. Le jardin de Diane, créé par Cath-erine de Médicis. est longé par la galerie de Diane, réalisée par Henri IV pour Gabrielle d’Estrée. Les bronzes de l’élégante fontaine de Diane sont l’oeuvre de l’artiste protestant Barthélemy Prieur (1603).Le salon Louis XIII fut le grand cabinet d’Henri IV, le Dauphin y naquit en 1601.Dans la chambre de Saint-Louis, sur la cheminée, figure un haut-relief en marbre du roi Henri IV à cheval (1599). Les débuts de la Réfome au XVIe siècle furent marqués, à Fontainebleau, par la soeur de François 1er (mère de Jeanne d’Albret, donc grand mère d’Henri IV) et par Renée de France, veuve du duc de France, qui se retira en son château de Montargis entre Fontainebleau et Ie chateau des Coligny à Châtillon-sur-Loing. L’amiral de Coligny plaida ouvertement pour la Réforme à l’Assenblée de Fontainebleau, en 1559, année du premier synode national réformé à Paris. Catherine de Bourbon, duchesse de Bar et soeur d’Henri IV, organisa des prêches à Fontainebleau, et Louise de Coligny, fille de l’amiral, veuve de Guillaume d’Orange, y mourut en 1620.
